Пошуки нових багатств і розшифровка древніх документів, які дісталися у спадок від предків, очікують Бена Гейтса в фільмі «Скарб нації: Книга таємниць». Герой став знаменитий: прочитана особливим чином Декларація Незалежності дозволила йому відшукати безцінні скарби, приховані масонами, і збагатити себе і Америку. 

Гейтса тепер охоче запрошують на різні історичні конференції, де Бенджамін ділиться спогадами про своїх видатних предків, однак на одному з виступів відбувається неприємний інцидент. Якийсь торговець антикваріатом по імені Мітч Уілкінсон звинувачує його прадіда в підготовці замаху на самого Лінкольна і пособництві конфедератам. На доказ Уілкінсон представляє напівобгорілу сторінку, вирвану із записника прихильника Конфедерації, на якій написано ім'я Гейтса. 

Щоб довести невинність прадіда у вбивстві президента, герой приступає до розшифровки послання, записаного на сторінці щоденника. Як і слід було очікувати, таємничий лист - ключ, що дозволяє відшукати золоте місто Сібола ...