Дія картини відбувається через кілька років після біологічної катастрофи в Раккун-сіті. Як не старалася Амбрелла, вірус продовжував поширюватися на поверхні з лякаючою швидкістю. Спочатку він перекидається на Північну Америку, а пізніше і на весь світ, заражаючи не тільки людей і тварин, а й рослини. Світ стає схожий на вимираючу пустелю.
Співробітники корпорації ховаються в підземних лабораторіях, продовжуючи роботу над створенням вірусу та антивірусу. Також вони не залишають без уваги розвиток проекту "Еліс" - спроба створити клонів Еліс, які за можливостями не поступатимуться оригіналу ...